因應世界衛生組織（WHO）宣布，茲卡病毒已達「國際公共衛生緊急關注事件」，疾管署立即成立指揮中心，並將茲卡病毒感染症改列為與伊波拉、MERS同級的第五類新興法定傳染病。
4大策略 預防本土發生
行政院長張善政表示，由於WHO強烈懷疑小頭症與茲卡病毒具有因果關係，加上病毒在中南美洲快速擴散，決定將巴西與法屬玻里尼西亞發生小頭症及神經系統異常病例提升為全球公衛緊急事件，指示指揮中心務必依照醫療整備、境外防疫、邊境檢疫及病媒控制等4大策略，預防發生本土疫情。
成立指揮中心 全面防疫
疾管署長郭旭崧指出，已結合戰情室、疫情中心、急性傳染病組、檢疫組、研究檢驗及疫苗研製中心等單位成立指揮中心，並盡速邀集健保署、國健署、國內婦產科、感染科、神經內科等專家加強監測，並釐清小頭症與茲卡病毒感染症關聯性。
防疫重點 阻絕病例境外
郭旭崧強調，國內目前非疫區，且除一例境外移入病例外，未發現有其他人感染，現階段防疫重點在於阻絕病例於境外。目前中南美洲已有26國出現疫情，中南美洲及加勒比海地區旅遊疫情建議提升第二級警示；亞洲地區印尼、馬來西亞、泰國、馬爾地夫4國列為第一級注意。
