顱咽瘤可能引起的症狀及問題，主要決定於腫瘤在腦部的相對位置及大小；這跟腫瘤周遭是什麼器官組織有很大的關係。隨著腫瘤長大，它會開始壓迫到周圍的組織(如腦下垂體柄、下視丘或這兩者之間的連結)；它可能產生的影響如下：
下視丘：
下視丘是腦部非常重要的一個部分。它影響著人體許多重要的功能與行為；這些影響包括體溫調節、攝食、乾渴等感覺以及飲水、睡眠模式、情緒行為還有記憶能力。下視丘的另一個作用，是扮演腦下垂體腺的「溝通中心」；下視丘以賀爾蒙的形式傳送信號給腦下垂體：賀爾蒙經由血管、神經，抵達腦下垂體柄。這些化學信號的作用，是刺激腦下垂體腺分泌賀爾蒙給身體其他腺體與器官。下視丘就像是樂隊的指揮一樣，統籌分配所有的活動；而下視丘與腦下垂體腺之間的連結，也有著舉足輕重的地位。
腦下垂體腺：
腦下垂體腺與下視丘之間，連著腦下垂體柄。腦下垂體釋放賀爾蒙，以刺激人體內其他腺體產生賀爾蒙。腦下垂體腺差不多一粒豌豆大小，分前後兩葉。腦下垂體腺前葉會分泌賀爾蒙，包括刺激生長(生長激素，簡稱GH)、促進青春期發育(性腺激素)、刺激甲狀腺(甲狀腺促進激素，簡稱TSH)以及刺激腎上腺(促腎上腺皮質素，簡稱ACTH)的各種賀爾蒙。而腦下垂體的後葉則分泌抗利尿激素(簡稱AD)；這種賀爾蒙控制經過腎臟的水份及尿液中的水份含量。
視神經：
所謂的視神經，就是連接著人體眼球的神經，這兩條視神經在視神經交叉(位於腦下垂體腺上方)的地方相會。視神經就是從這裡將我們眼睛接受到的訊息，傳送至腦部後方。如果顱咽瘤長大並開始壓迫到視神經，患者的視覺就會受到影響，嚴重的話甚至可能導致失明。
腦室：
人體腦內的腦室充滿了腦脊液(簡稱CSF)。腦脊液經由許多通道跟出入口，循環在腦部四周，最後注入血液。腦脊液的製造與循環是一直持續不停的；如果腦室的通道因故堵塞住，腦脊液便會累積在同一個地方，腦壓也隨之升高，造成腦室腫大。醫學上將這種狀況稱為「腦積水」(又稱「腦水腫」)，症狀是頭痛與嘔吐。
顱咽瘤可能影響到腦部許多功能。因為長大的腫瘤會壓迫到周圍的組織，擾亂下視丘與腦下垂體之間的訊息溝通，造成腦下垂體腺無法正常製造、分泌賀爾蒙，因而產生相關的症狀。
