焦糖色素所含成分恐有致癌之虞，針對食品中要添加焦糖色素，衛生署除了決定將管理的更加嚴格外，並將參考國際食品法典委員會規範，訂定使用上限；例如醬油中所含第3、4類焦糖色素，則就分別訂有20g/kg及60g/kg使用限量。
自從可樂添加焦糖色素恐有致癌的訊息出現後，衛生署食品藥物管理局即決定將焦糖色素列為食品添加物著色劑，嚴加管理；依據食品衛生管理法規定，加工食品如依規定添加著色劑者，均應依法標示於產品外包裝上。未來食品如需添加焦糖色素作為著色劑，將不得再標示為添加「天然色素」。
此外，未來業者要在食品中添加焦糖色素著色劑，衛生署並將訂定使用上限；食品藥物管理局食品組蔡淑貞組長表示，將焦糖色素列為食品添加物著色劑後，即會限制使用，尤其是第三類焦糖色素之4-甲基咪唑(4-MEI)含量規格訂為200mg/kg以下，第四類焦糖色素4-MEI含量規格訂為250mg/kg以下。
蔡淑貞組長並指出，依據國際食品法典委員會(CodexAlimentariusCommision)規定，醬油得添加第一、三、四類焦糖色素，但對於第三類銨鹽焦糖及第四類亞硫酸-銨鹽焦糖，分別訂有於醬油中之使用限量為20g/kg及60g/kg。由焦糖色素標準草案尚未正式公告，目前仍徵詢各界意見中，將會蒐集國際規範，並考量業界實際使用現況及國人飲食習慣等，審慎評估焦糖色素用於醬油之相關規定。
