政府宣布二代健保預計明年上路，醫改會卻發現，在衛生署最新上網公布的健保特約及管理辦法修正草案中，缺乏對不配合醫事機構的罰則。例如，醫院不交財報、不給處方箋、醫材差額收太高，竟然只需輔導，不用處罰。
二代健保實施後，醫院不配合公開病床資訊，竟無任何規定與處罰。醫改會強調，健保病床一床難求，醫院常以人力不足威脅關床，特約機構原本就應公布病床資訊，這在修訂規定中，居然對於不願配合公開正確訊息的醫院，一點辦法都沒有。
至於不交付民眾處方箋（藥單）的醫院，二代健保也束手無策。醫改會指出，醫師交付處方箋為醫藥分帳與專業分工上的重大改革，但二代健保並未針對違反者給予相關罰則，不符各界期待。
未來醫院如不願公布財報、品質指標，健保局也只能輔導改善，別無他法。醫改會強烈建議，健保局對於不配合的醫院應該處以違約記點處分，累積三點後，可給予停約處分。
此外，健保局也公開表示，開放收取差額的醫材，不見得每一項都會制定上限。因此，各衛生局核定各醫院收取的差額標準就成為保障消費者付費權益的重要依據。
草案中對於醫院收取差額超過衛生局核定標準，也是無罰則。醫改會批評，明明是健保局開放收差額的，卻把責任丟給人力與經費相對吃緊的地方衛生局管理，最後吃虧的還是病家。
面對醫改會批評「健保特管辦法」修訂是避重就輕，二代健保改革恐跳票。衛生署指出，「健保特管辦法」仍在研議中，未來實施後，一定會確保民眾就醫權益。
