為符合二代健保資訊透明公開的原則，衛生福利部中央健康保險署公布，102年領取健保費用超過6億元的醫院之財務報表。統計全台474家醫院，其中有109家醫院健保費用超過6億元，分別有19間醫學中心、74家區域醫院、16家地區醫院，共領取健保金額為2956億元，約占總金額的85%。
分析109家醫院財報，102年含醫務及非醫務的收支餘絀，有結餘者與短絀者分別有97和12家，占比為89%、12%。以醫務收支為分析項目，醫務收支有結餘者、短絀者分別有76、33家，占比為70%、30%。顯示出約七成的醫院，在醫務收支項目有結餘；另外三成醫務收支短絀的醫院，若加上非醫務利益彌補後，有二成的醫院可轉為有結餘，僅剩12家醫院仍短絀，約占11%。
若以層級別來分析，109家醫院中，含醫務及非醫務的收支餘絀，有結餘者，19家醫學中心有17家，占90%；74家區域醫院中有65家，占88%；16家地區醫院有15家，占94%。再以醫務收支作為分析項目，醫務收支有結餘者，醫學中心有12家、區域醫院有54家、地區醫院有10家，占比分別為63%、73%、63%。顯示分別有5家醫學中心、11家區域醫院及5家地區醫院，加計非醫務利益後，年度收支可轉為結餘。
根據「全民健康保險醫事服務機構提報財務報告辦法」，醫療院所應提出的財務報告門檻，將採階段擴大辦理。102年到104年，申報標準為領取健保費用超過6億元；105到106年降為4億元；107年後再降為2億元。透過公開財報資訊，民眾可以共同監督全民健保資源，相關資料可進入衛生福利部中央健康保險署網站首頁，點選資訊公開/健保資訊公開/醫事服務機構財報公開查詢。
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