健保局對於醫療院所申報的醫療費用都會進行審查，若是不符合給付規定，則會予以核刪；根據該局統計，自97年至100年間，核刪的醫療費用累計已達約587億元，平均每年約可省下150億元支出。
健保局表示，醫院申報醫療費用核刪最多的以「住院護理費」、「經皮冠狀動脈擴張術」、「電腦斷層造影」、「住院病房費」、「尿路結石體外震波碎石術」及「磁振造影」等；西醫診所則以「門診診察費」、「白內障手術」、「上眼瞼肌切除術」、「物理治療」、「腹部超音波」、「婦科超音波」等核減最多。
根據健保局統計，今年1至6月主要核減的醫療費用以藥品費用最多，約占23.35%、其次為檢查檢驗項目約占23.34%、基本診療項目如診察費、藥事服務費、住院病房費等約占14.42%、手術項目約占14.21%、特材費用約占12.68%、治療處置項目約占11.71%。
健保局指出，「住院護理費」及「住院病房費」被核刪主要是因住院日數過長，或非必要住院，而被一併核減，未必是護理處置不當；至於醫療費用被核減的主要原因，包括病歷記載或檢附的資料不夠完整、不符合支付標準或給付規定的使用適應症或用法、用量等。
