在美國和歐洲，孩童接種以預防百日咳的白喉、破傷風、非細胞型百日咳混合疫苗（DTa）以及相關的Tdap追加接種（boostershot）疫苗，都含有百日咳桿菌（Bordetellapertussis）的純化抗原。
就安全性來講，比起部分國家還在使用中的全細胞型預防接種疫苗，上述兩種可以預防孩童感染百日咳的疫苗，接種後不良反應較少，但保護力卻只有八成五，比前者九成五保護力，還低一點。
2010年美國加州曾爆發大規模百日咳，當地研究團隊收集陽性患者的背景資料，結果竟然發現，在8至12歲孩童，不管有沒有接種疫苗，百日咳發生率都差不多。顯示疫苗接種幾年後，防護力已漸漸消失。
國衛院表示，如何提高及延長疫苗的保護力，是預防醫學努力的方向，許多大型研究都致力於研發出更好的佐劑。希望可以突破現有佐劑的有效性。
另一項策略則是為百日咳死亡風險最高的新生兒特別設計出一種新式疫苗。由於疫苗對新生兒通常不會引起強烈的免疫反應，因此，法國專家最近研發出全球第一個活菌百日咳疫苗（BPZE1），新生兒出生後幾天就可接種。
動物實驗發現，如果給予一週齡的小鼠1滴鼻劑，小鼠在往後的1年中都可受到保護，這對於小鼠來說是很長的時間。研究顯示，新式疫苗已去除或修改細菌的毒素，相當安全。
國衛院表示，最新活菌百日咳疫苗可能還得等上好幾年才能在台上市，儘管目前白日咳疫苗保護力受到質疑，不過，新生兒家長仍應依照醫師指示疫苗接種時程，讓幼兒接種。
