國家衛生研究院指出，台灣結核菌基因型分布與族群遷移有著密切的關係，其中，漢族流行的結核菌株主要為北京株，而25歲以下的年輕族群，又以北京現代株為主；原住民中，花蓮和南投埔里是荷蘭株，屏東排灣族以東非株最多；少數北部民眾出現拉丁美洲株。值得留意的是，北京現代株的抗藥性和毒性很強，現行東京172株卡介苗對其保護力較弱，成為當前結核病防治的重大隱憂。
國衛院研究所從2005年開始收集各族群結合菌株，主要想探討台灣各族群間，結核菌基因型的分布。目前全世界結核菌株分布，主要分為北京株(Beijing)、東非株(EAI)、拉丁美洲株(LAM)、荷蘭株(Haarlem)，而北京株又分為古代株(ancient)及現代株(modern)。與其他細菌相較起來，結核菌的生長和在人群中傳遞速度較為緩慢，基因型在族群間的改變，往往長達百年，因此，特性也被運用於追蹤全球族群遷徙的佐證。從區域分布，亞洲主要以北京株為主；歐洲則為拉丁美洲株和荷蘭株為主。目前東非被認為是結核菌株的起源地，約在6000年至1萬年前向世界各洲傳布。
為探討台灣各族群和結核菌基因分布關係，國衛院感染症與疫苗研究所研究團隊，和花蓮門諾醫院及慈濟醫院、台北三軍總醫院、南投埔里基督教醫院、台中榮民總醫院、彰化基督教醫院、嘉義灣橋榮民醫院、屏東基督教醫院、高雄榮民總醫院展開近10年的合作研究。結果顯示，漢人以北京株為主，榮民多以北京型為主，占74%以上，其中又有76%為北京現代株。一般漢人則有56%為北京型，當中的81%為北京現代株。而25歲以下的年輕族群，北京現代株占比高達85%。
國衛院感染症與疫苗研究所杜鴻運副研究員表示，雖然台灣目前普遍接種東京172株卡介苗，但結核病卻沒有杜絕，主因可能是疫苗效力不足。根據文獻中流行病學調查，可間接推測現行卡介苗對其他結核菌株有比較強的保護力，但對於感染比例較高的北京現代株，其保護力較弱。因此，目前研究團隊將針對現行東京172株卡介苗，對不同菌種的保護力做研究，釐清北京現代株造成的原因，做為防治參考。
